一利生一弊生

所謂針無兩頭利，凡事有其優點亦會帶來其他的弊害，就生物燃料的發展亦無辦法逃離此宿命。有人曾提出發展生物燃料可能會帶動食品價格上升，導致另一個社會問題，而農夫為開闢更多耕地而破壞生態環境等。

有人對生物燃料提出質疑是有利生物燃料健康發展，其實因技術改良關係，現在已不只從穀物提煉生物燃油，更可以利用穀物外殼和其他農業殘餘物來生產。所以有關農作物因競爭而導致食品價格上升機會大為減少，反而有關植物能更全面善用，不會浪費。

研究新品種的農作物，或應地理環境因素而選擇合適品種的農作物亦未必會影響生能環境。例如巴西政府推廣蓖麻，可以減少砍伐森林的面積。或者擴大利用不適合食品作物生產的土地種植有關合適提煉生物燃油的農作物等。